用菌物作药，在中国已有悠久历史。早在2500年前，我国先民已知用“神曲”治疗饮食停滞，用豆腐上产生的霉菌治疗疮痛等。我国最早的药物书，东汉末的《神农本草经》(B．C．200～B．C．102年) 所载365种药物中，包括茯苓、猪苓、雷丸、青芝、赤芝、黄芝、白芝、黑芝、紫芝、木耳、桑耳、藿菌等12种真菌药物，其中茯苓、雷丸、赤芝、紫芝、木耳等现在仍在应用，并根据形态、色泽、功能等将芝类分为6种，并分别论述了它们的药性。在我国古代已知多种本草、医书、方志、农书、菌谱等曾记载过30多种真菌用作药材，如东晋葛洪的《肘后备急》、梁代陶弘景的《名医别录》、唐代苏恭的《唐本草注》和陈藏器的《本草拾遗》、宋代唐慎微的《证类本草》、元代吴瑞的《日用本草》、明代周定王的《救荒本草》和李时珍的《本草纲目》等，均有药用真菌的记载。北宋唐慎微所著《证类本草》(1108)，集宋代以前菌类药性研究和药方之大成，搜录真菌有茯苓、猪苓、地苓、桑耳、地耳、五木耳、雷丸、蝉花、竹肉、蜀格、鬼孟、萑菌、扬栌耳等。药用的灵芝，传说是“神丹妙药”，服之“长生不老”，还有“起死回生”之功效，又叫“还阳草”，久被认为是仙芝瑞草，《白蛇传》中传说许仙用灵芝使白娘子起死回生，更是“神乎其神”，家喻户晓。其实在中国医书中，仅将它视为一般的普通药物。隋朝的《太上灵宝芝草品》(A．D．581-618)一书中，虽然杂有鬼怪离奇的内容，但是它还记录了灵芝属(Ganoderma P Karst．)、假芝属(Amauroderma Murrill)、多孔菌属(Po，阳OFUS P．Micheli exAdans)、大孔茵属(Favolus P Beauv．)、蜂窝菌属(Hexagonia Fr．)等，图文并茂，可以称得上是最早的多孔菌类专著。明朝兰茂(1397-1476)在其《滇南本草》中记述了滇中高原真菌10多种，其中隐孔菌[Cryptoporus volvatus(Peck)Hubb．]可治大肠出血、疗痔、止牙疼，现在云南民间仍以此菌入药(黄年来，1993；杨庆尧，2015)。
在浩瀚的祖国医学文献中，虽然没有“医学真菌”这个名称，实际上却记载着许多有关医学真菌的内容。例如，在公元前的《黄帝内经·素问》中，就有疥癣一类疾忠的记载；公元610年，隋代巢元方的《诸病源候总论》中，明确记载了由假丝酵母所引起的“鹅口疮”；在距今1000多年的唐代孙思邈的《干金方》中，也记载着有关头癣的问题。这些都远比国外1835年Bassi发现家蚕的白僵病是由一种真菌感染所引起的记录要早得多。但在封建主义时代，独裁统治的旧中国，医学真菌的发展停滞不前(廖万清和顾菊林，2015)。