长期以来，我国民问在副食品和调味品加工制造业中广泛应用各种菌类。使用方法主要有两大特点：固体发酵和混合发酵。前者用于大规模生产有一定困难，但操作简便，对设备要求低，产品有嚼头，如豆瓣酱是米~[Aspergillus oryzae(Ahlb．)Cohn]用蚕豆发酵而成；后者是用两种以上菌类合作，制出满意的产品，如豆腐乳是毛霉与细菌混合发酵而成。酱油是我国历史悠久的传统调味品，酱醪中有多种微生物存在，对酱醪之成熟有着重大意义，其中酵母起着主导作用。所谓‘‘酱醪”，就是酿制酱油的半成品，用大豆和面粉为原料，通过微生物作用，将大豆中的蛋白质分解成更易吸收的、具芳香的氨基酸等成分，然后用盐水抽提而成。直到20世纪初，人们才认识到酱油和酱是中华民族利用真菌的卓越成就(魏苗寿和方心芳，1931)。用含有酵母的“老面”加入面团中蒸馒头，可获膨胀、多孔、松软的可口馒头。
酿酒也离不开真菌：生产黄酒以各种根霉为主，生产白酒以大曲(含各种曲霉)为主，生产葡萄酒、啤酒以酵母为主。用米曲霉生产酱油，用毛霉生产四川豆豉，用黄曲霉(AspPrgill“s／lav“s Link)生产湖南豆豉，酿制醪醴(甜酒)多用小曲(以根霉为主)。“红曲’’是将紫红曲菌(Monascus purpureus Went)培养在大米饭上制成的，福建古田所产“古田红曲”最负盛名。红曲用途极广，除在酿制红酒、黄酒及部分白酒时用作糖化发酵剂外，食品方面还用于着色和调味，制红腐乳和腌菜、腌鱼等；医药上用作补血活血、健脾和胃、治疗赤白痢疾及心腹疼痛等病症的药剂。早在七八百年前的宋代，中国先民就已了解红曲菌的特性。这是我国劳动人民发明的保藏菌种的一种独特方法，也是利用真菌的一项伟大创造，是世界制曲史上的一个伟大贡献(戴芳澜，1987；李钟庆和郭芳，2003)。总而言之，在古菌物学时期，中国先民对真菌的认识和应用也有着辉煌的历史和成就。